Tahun 1605,

Pembentukan De Protestante Kerk in Nederlands Indie, di Ambon Maluku.

Tahun 1619,

Pemindahan kantor pusat De Prostante Kerk in Nederlands Indie ke Batavia.

Tahun 1933,

Dalam Sidang Sinode De Protestantse Kerk In Nederlands Indie tahun 1933, jemaat di Minahasa, Maluku, bekas wilayah Keresidenan Timor dan pulau-pulau di sekitarnya diberikan wewenang untuk menjadi gereja mandiri dalam persekutuan De Protestantse Kerk In Nederlands Indie.

Tahun 1934,

Jemaat di Minahasa dilembagakan menjadi gereja mandiri pertama dengan nama Gereja Masehi Injili di Minahasa (GMIM).

Tahun 1935,

Jemaat di Maluku dilembagakan menjadi gereja mandiri kedua dengan nama Gereja Protestan Maluku (GPM).

Tahun 1947,

Jemaat di wilayah Sunda Kecil dilembagakan menjadi gereja mandiri ketiga dengan nama Gereja Masehi Injili di Timor (GMIT).

Tahun 1948,

Sidang Sinode De Protestantse Kerk In Nederlands Indie yang diadakan di Buitenzorg (Bogor), menyepakati bahwa gereja mandiri keempat akan dibentuk dengan wilayah pelayanan di bagian barat Indonesia.

Tahun 1948,

Pada tanggal 31 Oktober 1948, dilembagakanlah gereja mandiri keempat yang pada waktu itu bernama De Protestantse Kerk in Westelijk Indonesie (Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat).